Si quieres cambiar la contraseña de root pero no te acuerdas de su contraseña o es la primera vez que se instala el sistema debes seguir estos pasos:

$ sudo -i
# whoami para comprobar que estás como root
# sudo passwd 
# exit
$ exit 

Te pedirá la contraseña de tu usuario actual que debe ser administrador
Para cambiar la contraseña de root (2 veces)
Volvemos al usuario
Salimos de la sesión
Ahora prueba a entrar como root

Ahora puedes hacer una actualización del sistema:

# apt-get update && apt-get upgrade